Onze années se sont écoulées depuis la catastrophe planétaire qui a coûté la vie aux deux tiers de la population mondiale et marqué l’an Un de l’âge de la sainte genèse. Le cataclysme a également provoqué la fonte des glaces du continent antarctique et a dégagé la cité légendaire d’Atlantis disparue depuis douze mille ans, et entraîné la résurrection des shadow angels, des créatures ailées qui ont asservi le monde dans le passé. Revenus à la vie, ces anges déchus envoient leurs vaisseaux pour capturer les rares survivants humains, qui leur servent de « culture » afin de produire du prana, l’énergie interne essentielle pour assurer leur existence. Devant une telle puissance divine, les hommes offrent peu de résistance mais près de la Grèce, des équipes ont découvert et remis en état des engins aériens, les trois vecteurs Mars, Luna and Sol. Ces appareils, outre leurs qualités de combat intrinsèques, ont la particularité de pouvoir fusionner et de donner naissance à Aquarion, un puissant robot. Pour que cela fonctionne, il faut des pilotes ayant des prédispositions particulières, avec des capacités hors du commun, qui semblent être l’apanage d’une poignée d’adolescents. Les responsables du projet Aquarion parcourent le monde pour rassembler de tels pilotes et s’intéressent à Apollo, un jeune voyou qui présente des signes de ce pouvoir.
Apollo survit tant bien que mal en volant de la nourriture avec son groupe d’enfants. Ils sont tous sous la conduite de leur mentor, Baron, qui s’est occupé d’eux depuis leur enfance, dans ce nouveau monde qui continue à souffrir des graves séquelles infligées onze ans plus tôt. Leur vie bascule lorsque des vaisseaux de l’ancienne Atlantis viennent au dessus de leur ville pour enlever tous les habitants. Grâce à ses pouvoirs innés, Apollo est le seul à échapper au rapt mais il perd tous ses amis. En parallèle, les trois vecteurs sont dans le ciel pour tenter d’arrêter les engins cargos mais elles-mêmes sont en prise avec un robot de combat. Le hasard fait qu’Apollo s’introduise dans un des vecteurs et provoque une unification en Aquarion avec les autres pilotes pour terrasser leur adversaire.
Ses capacités laissent penser qu’il est la réincarnation d’Appollonius, un guerrier mythique qui aurait provoqué la chute d’Atlantis il y a douze mille ans, selon la légende. L’intégration d’Apollo au sein de l’équipe de pilotes de vecteurs est difficile. Le jeune homme est insubordonné et se comporte comme un sauvage. Son premier souci est d’abord de pouvoir libérer ses amis, plutôt que de servir la cause au sens large. D’autres pilotes ne peuvent pas le sentir et notamment Silvia, qui a le sang bleu comme son frère, Sirius. Celui-ci pensait être la réincarnation parfaite du sauveur jusqu’à présent et supporte mal se s’en remettre au garçon des rues qu’est Apollo.
